Avant le moyen-âge, on utilisait principalement de la poussière de charbon diluée (encre de chine). Cette encre était de couleur noire.
Mais depuis le moyen-âge, et jusqu'au dernier siècle où les écoliers utilisaient une plume, on produisait plutôt une encre "métallo-gallique", plus résistante dans le temps. On prenait des galles (les protubérances rondes qui poussent sur les feuilles de chênes, lorsqu'une guêpe y pondent un œuf - protubérance qui protège la larve). Ces galles sont riches en tanins, qui réagissent avec des sels métalliques pour produire une encre de couleur ... noire... aussi. Voire un peu violette ou bleu nuit. Mais pas bleue.
J'imagine que l'encre de couleur bleue est finalement assez récente. Peut-être liée aux stylos plumes et aux cartouches ? Peut-être liée à l'arrivée des stylos billes qui nécessitent une encre particulière ?