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C'est un peu des deux à mon avis.

Pendant longtemps (disons jusque les générations Vista et au-delà), Linux a eu une notion plus stricte de la différence entre administrateur et utilisateur que Windows (la bonne vieille époque XP où l'utilisateur/administrateur a direct tous les droits sans que le système ne réagisse trop), ce qui a contribué à cette idée qu'il était "plus sécurisé". Mais on parle d'un temps lointain maintenant quand même, Windows a bien changé de son côté (je suis pas expert, j'en dirais pas plus, mais l'article en question va plutôt dans ce sens en tout cas).

De nos jours, et du haut de mes traits maigres compétences, j'ai l'impression que Linux est plutôt en train de rattraper son retard lié à une grosse dette technologique : je pense notamment au remplacement de X11 par Wayland, qui prend du temps; aux histoires de sandboxing, qui n'est pas du tout le fonctionnement par défaut sous la plupart des distributions, pour le meilleur et pour le pire.

En attendant, les usagers de Linux (version bureau, s'entend, pas serveur) sont tout de même plutôt tranquille parce qu'ils représentent non seulement une partie très maigre de la population des usagers, mais en plus, parce que cette partie est plutôt enrichie en utilisateurs expérimentés et vigilants (qui, en quelque sorte, protègent les "pigeons").